硕士导师

       职称：讲师

       所在部门：计算机科学与工程系

       邮箱：ynyang(at)xtu.edu.cn （用@替换（at））

       办公室：信息科技大楼501

杨亚宁，博士，讲师，硕士生导师。2023年毕业于湖南大学计算机科学与技术专业，获工学博士学位。主要研究方向包括并行计算、基因组结构变异检测，以及基因型和表型的关联。近年来，在IEEE Transactions on Parallel and Distributed Systems、Briefings in Bioinformatics、IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics、Bioinformatics、Nature Machine Intelligence、BIBM等多个重要期刊和会议上发表论文10余篇。主持湖南省教育厅项目一项，参与了多项国家重点研发计划、国家自然科学基金和湖南省自然科学基金项目。个人主页：https://yaningyang.github.io/

欢迎有志于高性能计算、生物信息学研究的硕士和本科生加入我们的研究团队！团队提供丰富的科研资源和良好的研究氛围，重点培养学生的独立科研能力和创新思维。对于有意向的同学，请联系邮箱：ynyang(at)xtu.edu.cn

工作经历

2023 - 至今 湘潭大学计算机学院 专任教师

研究领域

1. 高性能计算：高效处理基因组相关的复杂计算任务（让计算更快 🚀）。

2. 大语言模型：探索大语言模型在生物信息学中的创新应用（让模型更聪明 🤖）。

3. 生物信息学与基因组学：融合多组学数据，解析结构变异的致病机制（让基因组更可解释 🔍）。

发表论文

1. Yaning Yang, Yadong Fan, Yue Liu, Liangrui Pan, Shaoliang Peng. MSI-GNN: A Graph Neural Network for Pathogenicity Prediction of Microsatellite Insertions[C]//2025 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM). IEEE, 2025: 1403-1410. （CCF B类会议, Honorable Mention for the Best Paper Award）
   

2. Yaning Yang, Xiaoqi Wang, Chengqing Li, Shaoliang Peng. Parallel Acceleration of Genome Variation Detection on Multi-zone Heterogeneous System[J]. IEEE Transactions on Parallel and Distributed Systems, 2025, 36(8): 1797-1809. （CCF A 类期刊）

3. Yaning Yang, Jiawei Wang, Xiaoqi Wang, Liwen Xu, Liangrui Pan, Shaoliang Peng. TranSVPath: A TabTransformer-based model for predicting the pathogenicity of structural variants[C] //2024 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM). IEEE, 2024: 1289-1295. （CCF B类会议）

4. Yang Yaning, Wang Xiaoqi, Zhou Deshan, Wei Dong-Qing, Peng Shaoliang. SVPath: an accurate pipeline for predicting the pathogenicity of human exon structural variants[J]. Briefings in Bioinformatics, 2022, 23(2): bbac014. （IF=13.994，Top期刊）

5. Yang Yaning, Wang Xiaoqi, Xu Ying, Yang Chao, Jiang Bin, Peng Shaoliang. ParaPindel: a scalable coordinated parallel detection framework for human genome-wide structural variation[C]//2021 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM). IEEE, 2021: 574-579. （CCF B类会议）

6. Yang Yaning, Wang Xiaoqi, Peng Shaoliang. A Dynamic Protection Mechanism for GPU Memory Overflow[C]//IFIP International Conference on Network and Parallel Computing(NPC). Springer, Cham, 2020: 30-40. （CCF C类会议）

7. Liangrui Pan, Li Xiaoyu, Chenchen Nie, Yaning Yang*, Shaoliang Peng. STAMP: Multi-pattern Attention-aware Multiple Instance Learning for STAS Diagnosis in Multi-center Histopathology Images[C]//IJCAI, 2026. （CCF B类会议）

8. Dazheng Liu, Peng  Zhang, Yueqing  Wang, Yi Chen, Yushuang Liu, Yaning Yang*, Sheng Xiao and Shaoliang Peng. FusDrag: Offset Attention-Enhanced Multimodal Fusion for Vehicle Drag Prediction[C]//2026 IEEE International Conference on Multimedia and Expo (ICME). IEEE, 2026. （CCF B类会议）

9. Peng Shaoliang, Yang Yaning, Liu Wei, Li Fei, Liao Xiangke. Discriminant projection shared dictionary learning for classification of tumors using gene expression data[J]. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics(TCBB), 2019, 18(4): 1464-1473. （CCF B类期刊）

10. Jiawei Wang, Ming Lei, Yaning Yang, Xinyan Lin, Yuquan Le, Qiwei Ma, Zhiwei Xu, Zheqi Lv, Yuchen Ang, Zhe Quan, Tat-Seng Chua. DeepTaxon: An Interpretable Retrieval-Augmented Multimodal Framework for Unified Species Identification and Discovery[C]//Proceedings of the 32nd ACM SIGKDD Conference on Knowledge Discovery and Data Mining V. 2. 2026: 12231-12242. (CCF A 类会议)

11. Xiaoqi Wang, Yingjie Cheng, Yaning Yang, Fei Li, Shaoliang Peng. Multi-task Joint Strategies of Self-supervised Representation Learning on Biomedical Networks for Drug Discovery. Nature Machine Intelligence. （SCI 一区， Top 期刊）

12. Wang Xiaoqi, Yang Yaning, Li Kenli, Li Wentao, Li Fei, Peng Shaoliang. BioERP: biomedical heterogeneous network-based self-supervised representation learning approach for entity relationship predictions[J]. Bioinformatics, 2021, 37(24): 4793-4800.（SCI 2区，Top期刊）

13. Xin Bin, Yang Yaning, Xie Xiaolan, Shang Jiandong, Liu Zhengyu, Peng Shaoliang. Detecting and Classifying Nuclei Using Multi-Scale Fully Convolutional Network[J]. Journal of Computational Biology, 2022.（SCI 4区）

14. Xin Bin, Yang Yaning, Wei Dongqing, Peng Shaoliang. CFCN: A Multi-scale Fully Convolutional Network with Dilated Convolution for Nuclei Classification and Localization[C]//International Symposium on Bioinformatics Research and Applications(ISBRA). Springer, Cham, 2021: 314-323. （CCF C类会议）

15. Sun Zhe, Peng Shaoliang, Yang, Yaning, Wang Xiaoqi, Li Fei. A general fine-tuned transfer learning model for predicting clinical task acrossing diverse ehrs datasets[C]//2019 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM). IEEE, 2019: 490-495.（CCF B类会议）

16. Weiming Xiang, Yingbo Cui, Yaning Yang, Ang Zhang, Boya Ji, Shaoliang Peng. MSVF: Multi-task Structure Variation Filter with Transfer Learning in High-throughput Sequencing[C]//2022 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM). IEEE, 2022: 293-296. （CCF B类会议）

17. Xiaoqi Wang, Yuqi Wen, Yixin Zhang, Chong Dai, Yaning Yang, Xiaochen Bo, Song He, Shaoliang Peng. A hierarchical attention network integrating multi-scale relationship for drug response prediction[J]. Information Fusion, 2024, 110: 102485. （SCI 一区， Top期刊）

科研项目

1. 湖南省自然科学基金青年C类项目，多组学特征表征与大模型驱动的基因组结构变异效应预测研究，主持

2. 湖南省教育厅项目，基于超算的基因组结构变异检测算法并行优化研究，主持；

3. 博士科研启动项目，基因组结构变异检测算法异构并行优化，主持；

4. 科技部重点研发计划，精准医学大数据的有效挖掘与关键信息技术研发-课题5高通量生物医学数据高效算法与并行计算，参与；

5. 国家自然科学基金面上项目，面向大规模异构体系结构的生物医药大数据并行算法及优化关键技术研究，参与；

6. 国家自然科学基金联合重点项目，面向复杂环境的边缘计算支撑关键技术，参与；

7. 国家自然科学基金联合重点项目，面向生物威胁快速反应的大数据分析方法研究，参与。

社会兼职

1. CCF 专业会员；

2. IEEE Member；

3. 担任Communications Biology、npj Digital Medicine、Artificial Intelligence Review、Briefings in Bioinformatics、Bioinformatics、TCBB、HPCC、ISBRA、ICIC、IJPRAI等期刊和会议审稿人；

4. BIBM Program Committee Member；

5. ISBRA Program Committee Member；

6. Interdisciplinary Sciences - Computational Life Sciences 期刊青年编委。

荣誉获奖

1. 2025，CCF B类会议 BIBM，最佳论文提名奖

2. 2025年世界人工智能与生物医药十大研究进展，超智融合多中心多模态生物医药开源大模型

3. 项目负责人，第四届湖南省“互联网+”大学生创新创业大赛，天河超算上的骨质疏松智能筛查机器人，一等奖

4. 第五届湖南省“互联网+”大学生创新创业大赛，基于超算的人工智能家庭医生，二等奖